Les Alsaciens-Mosellans opposants politiques sont déportés. On les retrouve dans tous les camps du grand Reich.

On peut citer le cas des 42 officiers alsaciens déportés à Neuengamme pour avoir refusé de prêter serment à Hitler et dont 22 sont morts là-bas, les Alsaciens-Mosellans déportés au Struthof (dont ceux venant du Fort de Queuleu), à Ravensbrück (338 déportés originaires de la région dont 73 ne rentreront pas), à Buchenwald (les étudiants de l’université de Strasbourg repliée à Clermont-Ferrand pris dans une rafle fin novembre 1943, les étudiantes sont déportées à Ravensbrück).

On a aussi déporté, depuis l’Alsace et la Moselle des homosexuels. En territoire annexé, les homosexuels alsaciens et mosellans se virent appliquer la législation allemande réprimant l’homosexualité.

La déportation des Juifs d’Alsace-Moselle (juifs nés en Alsace-Moselle mais aussi des juifs allemands et autrichiens réfugiés en Alsace-Moselle depuis 1933) s’est principalement faite depuis la France.

En effet, depuis l’année 1940 déjà, l’Alsace et la Moselle sont « Judenrein », c’est-à-dire épurés des juifs. Les juifs de ces territoires n’avaient pas été autorisés à rentrer de l’évacuation en 1940, ou expulsés la même année. Ils subissent le sort des juifs français (rafles, camps de transit puis la déportation). On estime à environ 1 500 pour la Moselle et environ à 1 200 pour l’Alsace, le nombre de juifs morts dans les camps d’extermination.