Die elsässischen und mosellanischen Regimegegner wurden deportiert. Sie waren in allen Lagern des Reichs vorzufinden.

Zu erwähnen sind zum Beispiel die  42 elsässischen Offiziere, die nach Neuengamme deportiert worden waren, nachdem sie sich geweigert hatten, Hitler den Eid der Treue zu leisten, unter denen 22 dort umkamen; dazu kommen noch beispielsweise die Elsässer und Mosellaner, die zum KZ Struthof (unter ihnen jene aus dem Fort Goeben), zum KZ Ravensbrück (338 Deportierte aus der Region, unter denen 73 nie zurückehrten) und zum KZ Buchenwald (die Ende  November 1943 bei einer Razzia ertappten StudentInnen der nach Clermont-Ferrand verlagerten Universität Straßburg, unter denen die Studentinnen nach Ravensbrück verlagert wurden) deportiert wurden.

Auch elsässische und mosellanische Homosexuelle wurden deportiert. Im annektierten Gebiet unterlagen  sie dem deutschen homosexuellenfeindlichen Gesetz.

Die Deportation der Juden aus dem Elsass und dem Moselle-Departement (im Elsass bzw. Moselle geborene Juden, aber auch deutsche und österreichische Juden, die im Elsass und Moselle-Departement seit  1933 Zuflucht gefunden hatten) wurde hauptsächlich von Frankreich aus durchgeführt.

In der Tat waren bereits seit 1940 das Elsass und das  Moselle-Departement „judenrein“. Juden aus diesen Regionen wurde nach dem Evakuierungsplan 1940 nicht gestattet,  heimzukehren, oder sie wurden im gleichen Jahr vertrieben. Sie erfuhren dasselbe Schicksal wie die französischen Juden (Razzien, Sammellager und anschließend Deportation). Die Zahl der in Konzentrationslagern verstorbenen Juden wird auf etwa 1500 Menschen für Moselle und 1200 für das Elsass geschätzt.